比叡山山麓坂本に建つ50を越える延暦寺の一山寺院は、比叡山の山上に建つ堂舎を山坊と称することに対して里坊と呼び、元は修行を経た老僧などの隠居所としての性格を持つものが多い。滋賀院門跡は薬師如来を本尊に祀り宮門跡の格式をもち、坂本にある延暦寺の里坊の総本坊であり、天台宗に8ヶ寺ある門跡寺院の一つである。代々の天台座主の御座所となり「滋賀院御殿」とも呼ばれる。元和元年(1615)天海大僧正が後陽成天皇から京都岡崎の法勝寺を賜わりこの地に移し建立した。後の明暦元年(1655)に後水尾天皇から滋賀院の号を賜った。
明治10年(1877)火災に遭ったが、明治12年(1879)に比叡山上の三塔それぞれの最も立派な山坊を移築するなどして復旧され現在に至る。小堀遠州作庭の池泉築山式庭園や狩野派渡辺了慶の襖絵があり、内仏殿、宸殿、二階書、客殿、庫裏などの建物から成る。